Dlouho byl kořen považován za orgán přijímací a vodící vodu a živiny, upevňující rostliny v půdě a případně za orgán sloužící jako zásobárna sacharidů a jiných látek. Dnes spatřujeme v kořenů významný orgán syntetický, především centrum dusíkatého metabolismu rostliny, vzniku aminokyselin a alkaloidů, dusíkatých fytohormonů cytokininů, podněcující buněčná dělení, a dalších látek.
U semenných rostlin je kořenový pól ebrya vyvinut jako radikula (kořínek), z níž se při klíčení semene vyvine primární kořen. U rostlin nahosemenných a dvouděložných tento kořen svým růstem a větvením vytvoří kořenový systém rostliny složený z hlavního kořene a z kořenů postranních. U kapradin a jednoděložných rostlin však kořen pocházející z radikuly embrya odumírá a kořenový systém je vytvářen z kořenů, jež se vytvoří na spodní straně stonku, tj. z kořenů adventivních. Některé z nich můžou být založeny už v zárodku, což je časté u trav.
Systém složený jen z adventivních kořenů je označován jako homorhizie, naproti tomu alorhizie je systém složený z kořene hlavního a kořenů postranních, který je fylogeneticky mladší. Na hlavním kořenu tu vznikají postranní kořeny postupně od báze kořene (tj. části, kde přechází kořen v stonek) k jeho vrcholu (apexu). Vrchol kořene tedy brzdí vznik postranních kořenů (tzv. apikální dominance kořene). Označujeme-li hlavní kořen jako primární, pak postranní kořeny označujeme jako sekundární, popř. jejich větve jako terciální atd.
U kořene je možné rozlišit 3 základní pletivové celky: pokožku (krycí pletivo), primární kůru a centrální válec. Tato pletiva vznikají z iniciálních buněk (iniciál) vzrostlého vrcholu, chráněných kořenovou čepičkou (calyptrou). Iniciály tvoří apikální meristémy (histogeny), které můžeme rozdělit na tři, resp. čtyři druhy podle pletiv z nich vznikajících: plerom, periblem, dermatogen a v kořenu ještě kalyptrogen.
Z pleromu (proximální vrstvy) vzniká centrální válec - pletiva vodivá; z periblemu (střední vrstvy) se odděluje primární kůra - pletiva základní; dermatogen diferencuje pokožku - pletivo krycí a kalyptrogen pak dává vznik kořenové čepičce.
Mitoticky neaktivní nebo málo aktivní skupina buněk v kořenové čepičce se označuje jako klidové centrum, na jehož periferii jsou mitoticky aktivní iniciály. Klidové centrum je pravděpodobně místem syntézy hlavních rostlinných hormonů syntetizovaných v kořeni. Jádra buněk klidového centra jsou méně citlivá na poškození nepříznivými vlivy něž jádra aktivních buněk kořenového vrcholu s kratším buněčným cyklem. Buňky centra se od ostatních buněk kořenového meristému liší tím, že mají nejmenší rychlost syntézy DNA a RNA (nejméně ribozómů a nejmenší jadérka i mitochondrie). V meristematické oblasti kořene je nepatrný příjem minerálních látek, což souvisí s tím, že v ní není diferencován xylém.
Kořenová čepička (kalyptra) vzniká oddělením z iniciál na distálním povrchu klidového centra. U dvouděložných rostlin jsou společné iniciály pro čepičku i pokožku. Velikost čepičky je druhově specifická a závislá i na působení vnějších podmínek. Jejím úkolem je chránit kořenový meristém a vylučováním polysycharidového slizu usnadňovat pronikání kořene půdou, popř. podporovat vývoj mikrobiální flóry. Sliz se syntetizuje v dyktiozomech odštěpující vezikuly, jejichž rosolovitý obsah proniká na povrch buněk. Tím se chrání kořen před vyschnutím v kratších odobích sucha a je ovlivňován i vstup iontů do kořene.
Ve střední části čepičky je tzv. sloupek (columella), jehož buňky obsahjí tzv. přesýpavý (statolitický) škrob. Jeho přemístěním v buňce při vychýlení kořene jsou za spoluúčasti membrán endoplazmatického retikula vyvolány podněty působící asymetrické prodlužování kořenových buněk, což vede ke korekci směru růstu (pozitivní geotropismus kořene).
Rhizoderma se skládá z těsně na sebe nasedajících protáhlých buněk s tenkými stěnami bez kutikuly. V typickém případě je pokožka jednovstvá. Vnější tangenciální stěny pokožkových buněk jsou tlustší něž ostatní stěny a jsou opatřeny vnější slizovou vrstvou schpnou zadržovat vodu. Ve stěnách stárnoucích rizodermálních buněk se ukládá suberin.
Ve vzdálenosti 0,7 - 3 mm od vrcholu kořene se z buněk rizodermy tvoří kořenové vlásky (riziny), 0,15 - 8 mm dlouhé. Vznik se děje buď z jakékoliv buňky rizodermy anebo jen ze speciálních buněk označovaných jako trichoblasty. Resorbce živin je usnadňována uvolňováním kyselin z kořenových vlásků. U četných rostlin byla pokusně zjištěna závislost tvorby kořenových vlásků na vlhkosti prostředí: čím vyšší obsah vody v půdě, tím nižží počet a délka kořenových vlásků. Ve vodních kulturách suchozemských rostlin se kořenové vlásky netvoří vůbec. Povrch kořene je kořenovými vlásky silně zvětšen. Životnost rizodermy a vlásků je však velmi krátká, např. u jabloně 15 - 20 dní.
Je to mnohovrsevná parenhymatická vrstva mezi rizodermou a centrálním válcem kořene. Ve vzdálenosti 3-8 mm od vrcholu kořene rizodrma s kořenovými vlásky odumírá a je nahrazována vnější vrstvou primární kůry, tzv. exodermis, která po odumření rizodermy plní funkci krycího pletiva. Buněčné stěny této vrstvy suberinizují (korkovatějí). Tvoří ji jedno- i vícebuněčná vrstva buněk podélně protáhlých. Exodermis se histochemicky i strukturálně podobá endodermis. U nahosemenných a dvouděložných rostlin se exoermis vůbec nediferencuje, protože v kořenovém pericyklu se zakládá felogen, z něhož pak vzniká korek (a odumírá celá primární kůra).
Mezodermis je parenchymatická střední vrstva primární kůry. U jednoděložných rostlin se v ní tvoří sklerenchym, který zpravidla hraničí s exodermis. U dvouděložných rostlin se v ní může tvořit kolenchym.
Ještě v době, kdy se mezodermální buňky aktivně dělí, lze v nejvnitřnější vrstvě primární kůry prokázat ukládání tukových a fenolických látek. Tak se začná tvořit endodermis. Zde se časem začnou tvořit tzv. Casparyho proužky, které představují bariéru radiálnímu pronikání roztoků do kořene skrz buněčné stěny primární kůry. V další ontogenetické fázi se v endodermis zakládá souvislá suberinová lamela s výjimkou tzv. propustných buněk, kde zůstávají suberinizovány jen Casparyho proužky. Tyto buňky jsou umístěny proti dřevní části svazku cévního a dovolují prostup přijímaných látek do centrálního válce kořene.
Centrální válec se skládá z vodivého systému a případně dřeně, přičemž vodivý systém je zřetelně ohraničen tzv. pericyklem. Pericykl je většinou jednovrstevný, u nahosemenných a některých krytosemenných (zejména jednoděložných) rostlin bývá mnohovrstevný. Pericykl má latentně meristematický charakter, neboť v něm vznikají postranní kořeny a adventivní pupeny. U sekundárně tloustnoucích kořenů se v něm zakládá i felogen, avšak u sekundárně netloustnoucích kořenů jednoděložných rostlin se v něm tvoří zpravidla vrstva sklerenchymatická.
Vodivý systém v kořenu je tvořen radiálními svazky cévními, přičemž pro kořen je typický tzv. exarchní xylém, jehož prvky se diferencují v centripetálním (dostředivém) směru. Také floém se diferencuje centripetálně.
Kořeny jednoděložných rostlin většinou sekundárně netloustnou. Primární kůra zůstává zachována a ochrannou funkci přejímá exodermis. Jen u rodu Dracaena se v kořenech zakládá kambium, a to v pericyklu, nebo primární kůře.
K tomuto tloustnutí dochází prostřednictvím kambia, které se tvoří nejprve na vnitřních stěnách floémových buněk a posléze se uzavře v souvislou vrstvu meristému. Vícevrstevný pericykl není jen zdrojem vzniku části kambia, neboť v jedné z vnějších vrstev pericyklu může vznikat i felogen, který dává vně vznikat korku a dovnitř někdy felodermě. Sekundárním tloustnutím se primární kůra roztrhává a posléze odlupuje.
Kořeny postranní (boční, laterální) vznikají až v určité vzdálenosti od apikálního meristému hlavního kořene, jehož vrchol tak prozrazuje zřetelný zábranný vliv na růst postranních kořenů. Ty se zakládají v pericyklu hlavního kořene a prorůstají jeho primární kůrou a vyrůstají víceméně kolmo na působení zemské tíže (postranní kořeny prvního řádu), kořeny vyšších řádů jsou již na gravitaci necitlivé.
Vznikají endogenně na kterékoliv části rostlinného těla, nejčastěji na stoncích, ale i na listech. Odpradávna se proto používalo stonkových nebo listových řízků k množení rostlin. V tvorbě adventivních kořenů lze rozlišit 3 etapy: remeristmatizaci buněk, tvorbu základu adventivních kořenů a prodlužovací růst založených kořenů. K remeristematizaci dochází v pericyklu stonku ale také někdy v lýku, mezisvazkovém parenchymu kambia, v dřeňovém paprsku a někdy dokonce i ve vrstvách primární kůry stonku.
Kořeny mohou v průběhu fylogeneze podstatně měnit svou funkci (např. pro účel dýchání, fotosyntézy, hromadění zásob apod.), čemuž pak odpovídá i jejich změněný tvar a vnitřní stavba. Takové přeměny označujeme jako metamorfózy.
Nejvýznamější z nich jsou kořenové hlízy, jež převzaly funkci zásobní (např. u jiřiny nebo orseje jarního).
Účastní-li se na tvorbě hlízy i část stonku (zvl. hypokotyl), vzniká tzv. bulva, vyskytuje se např. u řepy, mrkve, ředkvičky.
Kontraktilní (stahovací) kořeny jsou časté u dvouděožných i jednoděložných rostlin s výjimkou trav. Typické jsou u vojtěšky, řepy, komonice a cibulí jednoděložných rostlin. Báze prýtu je kontrakcí kořene stažena k povrchu nebo pod povrch půdy, čímž vzniknou optimální podmínky pro vznik adventivních kořenů. Kořenová báze s hypokotylem při tom může ztloustnout v zásobní orgán a mění se i struktura kořenových pletiv, zejména dřevní části.
Asimilační kořeny přejímají funkci listů např. u některých epifytických orchidejí, haluchy vodní nebo kotvice plovoucí, kde zazelenávají kořeny vzplývající na vodě.
Vzdušné kořeny epifytů (rostlin přidržujících se jiných rostlin, ale neparazitujících na nich) je možno pozorovat často v tropech.